fastq

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    .cat.fastq to .cat.fasta文件轉換問題

    我試圖將fastq轉換爲fasta而不先做一個質量過濾器。當我嘗試使用fastx工具包來運行此轉換時，它在運行到低質量基礎時會給我一條錯誤消息，並終止轉換，以便轉換後的輸出很早結束。 （錯誤表示質量得分低於-30）。 然後，我嘗試使用此論壇中較早發佈的sed解決方案，介紹如何使用sed轉換爲fasta。該生產線是這樣的： sed -n '1~4s/^@/>/p;2~4p' 行我輸入端子爲： s
    bioinformatics data-conversion fasta fastq 2014-09-22

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    擊：替換文件名

    我有一個命令我要對所有文件夾的文件中運行的一部分，該命令的語法如下： tophat -o <output_file> <input_file> 我希望做的是一個腳本它循環遍歷任意文件夾中的所有文件，並使用輸入文件名創建相似但不同的輸出文件名。文件名看起來是這樣的： input name desired output name path/to/sample1.fastq path/to
    bash bioinformatics fastq 2014-09-23

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    試圖在sed或awk中使用變量

    我有兩個單獨的文本文件，每個都具有相同的確切格式。我可以grep FILE1.txt查找特定的搜索詞並輸出每個匹配的行號。行號按數字順序輸出到文件或變量。 我想要使用每行號碼，並從FILE2.txt以數字順序打印該行，以單個OUTPUT.txt。有沒有人知道一種方式，使用awk或sed來做到這一點？ 我有一個字符串變量$ linenumbers與25 26 27 28 我用下面的命令值： for
    awk sed grep fastq 2014-03-12

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    嘗試使用PBS運行腳本時出現open3錯誤::客戶端

    我試圖讓下面的perl腳本工作。首先，讀取fastq文件，然後使用該文件通過多個程序進行分析。 代碼： use warnings; use PBS::Client; $directory = $ARGV[0]; opendir(DIR, $directory); @files=(); while ($file = readdir(DIR)) { push(@files
    perl pbs qsub fastq 2014-01-31

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    讓不同的輸出文件

    我做的這些文件的測試： comp900_c0_seq1_Glicose_1_ACTTGA_merge_R1_001.fastq comp900_c0_seq1_Glicose_1_ACTTGA_merge_R2_001.fastq comp900_c0_seq2_Glicose_1_ACTTGA_merge_R1_001.fastq comp900_c0_seq2_Glicose_1_ACT
    bash output fastq 2014-02-05

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    如何獲得一個makefile來運行所有的命令，無論目標或依賴

    我寫一個GNUmakefile創建工作流來分析一些生物序列數據。數據採用稱爲fastq的格式，然後經過許多清理和分析工具。我附上了我目前所寫的內容，這些內容從清潔前的質量控制到後來的質量控制都一路走來。我的問題是我不確定如何讓'fastqc'命令運行，因爲它的目標不是工作流中其他任何步驟的依賴項。 %_sts_fastqc.html %_sts_fastqc.zip: %_sts.fastq
    makefile bioinformatics fastq 2014-10-17

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    fastx_trimmer爲什麼認爲我的fastq文件是未知文件格式？

    我有一些來自Illumina NextSeq運行的.fastq文件。許多序列具有polyA片段，這使得它們映射變得複雜。我想刪除的連續十A的所有序列，並一直在努力這樣做，使用fastx_clipper如下： ha1c6n8$ fastx_clipper -l 32 -Q33 -n -v -a AAAAAAAAAA –i FR0826_S1_L004_R1_001.fastq –o FR0826_L
    bioinformatics fasta sequencing fastq 2014-08-29

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    讀FASTQ文件到詞典

    我有這樣（文件的部分）的fastq文件： @A80HNBABXX:4:1:1344:2224#0/1 AAAACATCAGTATCCATCAGGATCAGTTTGGAAAGGGAGAGGCAATTTTTCCTAAACATGTGTTCAAATGGTCTGAGACAGACGTTAAAATGAAAAGGGG + \\YYWX\PX^YT[TVYaTY]^\^H\`^`a`\UZU__TTbSbb^
    python python-2.7 fastq 2014-02-12

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    在多個配對文件上執行命令

    假設我有一個命令command.py，它將文件File_01_R1.fastq到File_01_R2.fastq配對在一起。在單個對上執行的命令如下所示： command.py -f File_01_R1.fastq -r File_01_R2.fastq 但是，我有很多文件，每個文件都帶有R1和R2版本。我怎麼能告訴這個命令去瀏覽我擁有的每個文件，所以它也執行 command.py -f F
    bash unix fastq 2014-10-29

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    在pairedfiles上執行命令，然後重命名輸出

    command.py，它將兩個配對文件CA01_S1_R1.fastq和CA01_S1_R2.fastq合併在一起。然後將結果打印到新目錄paired.out中，並將結果文件​​命名爲​​。完整的命令將讀取 command.py -f CA01_S1_R1.fastq -r CA01_S1_R2.fastq -o paired.out 不過，我想很多的文件執行該命令，然後都保存在同一目錄下的輸出。
    bash unix fastq 2014-10-29
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