sungridengine

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我需要在Google Compute Engine上設置並運行「令人尷尬」的並行作業。我正在尋找工具來促進這一點。在EC2上，我使用MIT的Starcluster來設置羣集，然後將作業提交給SGE。 Google Compute Engine還有類似的工具可用嗎？如果沒有，我可能會手動設置Condor Cluster來完成這些工作。嗡嗡聲。

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如何QLOGIN到共享的特定作業ID

一個節點我有一個現有的qlogin的工作是這樣的： job-ID prior name user state submit/start at queue ------------------------------------------------------------------------- 3530770 0.50500 QLOGIN jlsmith r 10/15/201

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如何估算將作業提交給運行SGE的羣集的內存需求？

我正在嘗試向羣集[運行Sun Grid Engine（SGE）]提交作業。這項工作不斷被終止，並出現以下情況： Job 780603 (temp_new) Aborted Exit Status = 137 Signal = KILL User = heaswara Queue = [email protected] Host = comp-0-8.local S

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使用qsub在SGE上提交作業

我正在嘗試將我的腳本提交給本地服務器上的SGE，但出於某種原因系統無法識別該選項。我提交看起來這樣：的qsub ./script.sh 從我在網上看了這應該工作。有誰知道它爲什麼不起作用？提交作業的正確語法是什麼？

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qmake使用管道命令導出失敗

在開放的太陽網格引擎（gridengine-GE2011.11）上使用qmake（v3.82）時出現問題我使用以下makefile代碼縮小了問題範圍：使用 export FOO = $(shell echo bar | sed 's/bar/foobar/g') all: echo1 echo2 echo1: echo $(FOO) echo2: echo $(FOO

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在Sun Grid Engine（SGE）中取消多個隊列

爲Sun Grid Engine作業提交指定目標隊列時，是否可以取消多個目標？通常我會碰到這樣的： #$ -q *@!chrom* 這將在每個主機/隊列不匹配模式「CHROM *」運行。例如，如果我想在除「chrom *」和「reef」之外的每臺機器上運行，該怎麼辦？我能找到的所有文件都表明SGE應該支持這一點（他們支持ORs和多種模式），但是我所有的嘗試都遇到了失敗。有些事情我已經試過：

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在Oracle/Sun中執行bash腳本GridEngine

我有一個腳本，它首先定義一系列變量，然後再運行帶有這些變量的程序。但是，該腳本被Grid Engine拒絕（它在工作站上工作，但作爲數組作業的一個組件，它需要通過SGE運行），因爲變量正在被讀作命令，導致「未找到命令」響應。 #!/bin/bash #$ -M [email protected] #$ -m be #$ -o /scratch/MScGWAS/Output #$ -e /s

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未找到SGE命令，未定義變量

我正在嘗試設置新的計算羣集，並且在SGE中使用qsub命令時當前遇到錯誤。這裏有一個簡單的實驗說明了什麼問題： test.sh #!/usr/bin/zsh test="hello" echo "${test}" test.sh.eXX 測試=你好：命令未找到。測試：未定義的變量。 test.sh.oXX 警告：未獲得TTY（不良的文件描述符）。因此在這個shell中沒有作業控制。

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太陽能電網引擎無法獲得執行節點的主機信息

我在Centos 6上爲兩個節點（A和B）的小羣集設置了gridengine。我跑inst_sge -x -m上都和B中加入作爲EXEC節點A.然後當我試圖qhost運行，我得到了， HOSTNAME ARCH NCPU LOAD MEMTOT MEMUSE SWAPTO SWAPUS --------------------------------------------------

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如何在qsub命令中使用管道或重定向？

我想使用需要使用管道（|）或重定向（>）的qsub（SGE 8.1.3，CentOS 5.9）在網格上運行一些命令。舉例來說，假設我有並行命令 echo 'hello world' > hello.txt （顯然，一個簡單的例子：在現實中我可能需要一個程序的輸出重定向直接像bowtie到samtools）。如果我這樣做： qsub echo 'hello world' > hello.txt