sungridengine

1熱度

2回答

嗨我正在建立一個軟件流水線（一個廣泛的生物信息學註釋工具），最初是爲提交SGE工作而編寫的，但我在PBS /轉矩集羣上。有關將這些腳本從SGE轉換爲PBS的方法的任何想法？還是一個可以將SGE作業提交給PBS的軟件？謝謝，馬庫斯

0熱度

1回答

我在bash腳本中使用的領結指數產生的蝴蝶結索引文件如下： bowtie-build $FA_FILE $OUTPUT_BASE （腳本可以在這裏找到：https://github.com/kennethphough/bioinformatics/blob/master/sge/sge_build_index）我希望我的羣集中的每個節點都將我的序列文件與染色體對齊，而不是整個基因組。所以理論

1熱度

1回答

網格引擎集羣+ OpenCV的：奇怪的行爲

我使用Grid Engine羣集運行一些OpenCV的代碼。代碼在本地執行時運行良好，但是當提交到網格時它不起作用。我在這裏提取一個最小的例子。在目錄~/code/我有一個文件test.cpp包含以下代碼： #include <opencv2/core.hpp> #include <iterator> #include <string> #include <sys/types.h> #i

0熱度

1回答

Sun Grid Engine：使用存儲在變量中的值的名稱輸出文件

在此先感謝您的幫助。我試圖通過使用作業 qsub -q myQ myJob.sh 在myJob.sh我 # Name of the output log file: temp=$(date +"%s") out="myPath" out=$out$temp #$ -v out #$ -o $out unset temp unset out 我想是我的輸出文件有規範的名稱與附

0熱度

1回答

提交到隊列後，MPI程序的計時發生了顯着變化

我有一個MPI程序，用於創建一個文件，每次迭代都有一定的計算時間。當我運行這段代碼而沒有提交隊列時（這個集羣運行SGE），它會在幾秒鐘內給出以下時間。我用mpirun -np8抓住了8個處理器。 STEP ITIME ------------- 1 0.868128 2 0.426714 3 0.409768 4 0.427312 5 0.412737 6 0.413256 7

3熱度

1回答

SGE：如何實時查看輸出

我正在向Sun Grid Engine提交作業（腳本）。這項工作是一個Python程序。運行可能需要幾個小時，但它會定期寫入stdout和stderr以通知我它的狀態（例如完成多少次迭代等）。問題是SGE緩衝輸出並且只在最後寫入文件，這意味着我無法在屏幕上看到輸出或實時拖放文件。工作結束後，我只能瞭解狀態。有沒有辦法通過配置SGE（qsub等）來解決這個問題？

0熱度

1回答

在qsub腳本中使用變量作爲參數參數

我想從文件夾中選取多個模型，並在sge腳本中將它們用於陣列作業。所以，我中SGE腳本如下： MODELS=/home/sahil/Codes/bistable/models numModels=(`ls $MODELS|wc -l`) echo $numModels #$ -S /bin/bash #$ -cwd #$ -V #$ -t 1-$[numModels] # Runnin

1熱度

1回答

具有多個輸入的SGE陣列作業

所以，我想要創建一個shell腳本來幫助我提交一個陣列作業，其中每個作業都有多個輸入文件。我如何運行具有每工作一個輸入如下陣列作業的一個例子： DIR=/WhereMyFilesAre LIST=($DIR/*fastq) #files I want to process INDEX=$((SGE_TASK_ID-1)) INPUT_FILE=${LIST[$INDEX]} bwa al

0熱度

1回答

如果我使用<code>$ -m ea</code>我收到幾百封郵件，一個用於工作接收，只有當所有的任務都完成

我推出了很多的就業機會集羣陣列上的電子郵件（類似於什麼http://www3.imperial.ac.uk/bioinfsupport/help/cluster_usage/submitting_array_jobs解釋）。只有當所有任務完成後，我怎樣才能收到電子郵件？是否有可能在所有任務完成時收到，而且在任何任務中止時收到一封電子郵件？

2熱度

1回答

openMPI/mpich2不能在多個節點上運行

我想在多節點集羣上使用install openMPI和mpich2，並且在兩種情況下都在多臺機器上運行時遇到問題。使用MPICH2我能夠從頭節點的特定主機上運行，但如果我嘗試從計算節點的東西到不同的節點，我得到： HYDU_sock_connect (utils/sock/sock.c:172): unable to connect from "destination_node" to "pa