sungridengine

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    Perl無法打開同時運行和運行的命令管道,這會在通過qsub提交給SGE時導致問題,因爲我丟失了提交的作業ID。如何將生成的腳本提交給SGE 和捕獲SGE分配的作業ID?

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    我在這裏的集羣上成功地用C++編譯了一個帶boost的程序。我需要運行一個SGE腳本來運行模擬。我得到的錯誤是這個 ./main:錯誤而載入共享 庫:libboost_thread.so.1.45.0: 無法打開共享對象文件:沒有 這樣的文件或目錄 啓動程序時是否需要指定庫的名稱?我使用的腳本如下 #!/bin/sh # (c) 2008 Sun Microsystems, Inc. All r

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    我使用太陽網格引擎(linux)運行了很多作業。有些工作需要很長時間才能運行,而我不知道哪些工作會提前完成。 我想停止運行時間超過2小時的工作。可以使用SGE運行嗎?有沒有可能從unix shell執行它? 感謝

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    如何從Perl腳本確定它是通過SGE運行還是從命令行本地運行?

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    我有一個perl腳本,用於準備輸入二進制程序的文件並將二進制程序的執行提交給SGE排隊系統版本6.2u2。 通過-sync y選項提交作業,以允許父級perl腳本能夠使用waitpid函數監視提交作業的狀態。 這也非常有用,因爲向父Perl腳本發送SIGTERM會將此信號傳播給每個孩子,孩子們然後將這個信號轉發到qsub上,從而正常終止所有關聯的提交作業。 因此,能夠使用此-sync y選項提交作

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    我正在使用Sun Grid Engine運行大量作業。由於這些工作(〜100000),我想使用陣列作業,這似乎是在隊列中更容易。 另一個問題是,每個作業產生一個stdout和stderr文件,我需要跟蹤錯誤。如果我在qsub -t 1-100000 -o outputdir -e errordir中定義它們,我將最終得到包含100000個文件的目錄,這太多了。 是否有辦法讓每個作業都將輸出文件寫入

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    我試着讓太陽gridending(sge)在集羣的所有節點上運行MPI作業的單獨進程。 發生什麼事是每個節點有12個處理器,所以SGE將我的60個進程中的12個分配給5個單獨的節點。 我希望它爲每個節點分配2個進程,因爲在每個節點上運行12個進程(dna序列比對),這些節點的內存不足。 所以我想知道是否有可能明確讓SGE將進程分配給給定節點? 謝謝, 保羅。

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    我正在與SGE(Sun Grid Engine)合作將作業提交給網格。我也使用perlbrew來管理我安裝的Perl版本。 我寫了一些短期sh腳本,我用它來運行它需要特定的Perl版本(5.12.2)一個Perl腳本,它看起來是這樣的: #!/bin/bash #$-S /bin/bash source /home/dave/.bash_profile /home/dave/perl5/p

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    我想通過Sun Grid Engine(現在是:Oracle Grid Engine?)上的qsub提交作業。我不希望使用-sync yes選項或qrsh,因爲我希望我的控制程序是單線程的,並且能夠一次啓動多個作業。這些選項會阻止我的控制程序的線程。 但是,我希望收到我啓動的進程的退出狀態。從手冊頁,似乎沒有辦法得到這個代碼沒有阻止我的線程。修改我打算將退出代碼打印到標準輸出的工作是否有任何方法可

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    最近我有權訪問羣集上運行我的代碼。我的代碼是完全並行的,但我不知道如何最好地利用其並行性。我必須計算一個大矩陣的元素,並且每個元素都獨立於其他元素。我想提交作業在幾臺機器(如100)上運行,以加速矩陣的計算。 現在,我寫了一個腳本來提交多個作業,每個作業負責計算矩陣的一部分並將其保存在.mat文件中。最後,我正在合併它們以獲得整個矩陣。爲了提交每個單獨的作業,我創建了一個新的.m文件(run1.m