如何在3d文件（python/nilearn）中的特定位置生成3d ROI球體

Question

我的目標是在3D球面罩的給定位置遮罩3D圖像。 我想提取所有這些3D中的圖像值的掩蓋我目前使用python的nilearn.image.NiftiSpheresMasker功能通過以下方式實現這一

：

central_coordinates=(x,y,z) 
masker = NiftiSpheresMasker(central_coordinates, radius=rad) 
values=masker.fit_transform(resampled_image) 

然而，這僅僅返回ROI內的平均信號。有一種方法，以任一：

• 提取掩模，這個函數使用（這樣我可以得到手動值）
• 使用另一種方法來實現這一3D ROI

聚苯乙烯我已經嘗試使用FSL的fslmaths -kernel，它適用於立方體，但不適用於球體。

Answer 1

我設法通過使用從包nltools

功能create_sphere看到這個鏈接解決這個問題：https://github.com/ljchang/nltools/issues/122