fasta

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    如何使用awk和條件管道提交qsub作業？

    我有一個文件（fasta），我使用awk從（帶有標題的序列）中提取所需的字段。然後，我將它傳給一個BLAST程序，最後我將它傳遞給qsub以提交一份工作。 文件： >sequence_1 ACTGACTGACTGACTG >sequence_2 ACTGGTCAGTCAGTAA >sequence_3 CCGTTGAGTAGAAGAA 和命令（工作）： awk < fasta.fas
    bash awk pipe fasta qsub 2012-11-13

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    perl的順序抽取循環

    我有一個現有的Perl的單行（從愛德華茲實驗室），是奇妙的作品讀取包含ID的一個列一個文本文件（名爲ids.file）並搜索第二，特殊格式的文本文件（在這個例子中命名爲fasta.file - 對於那些瞭解生物信息學的人，採用「fasta」格式），並返回與第一個文件中的ID匹配的序列。我希望擴大這個腳本做兩其它產品： 目前的Perl的單行只似乎工作，如果ids.file包含一列數據。我希望它在包含
    perl shell bioinformatics fasta 2013-01-08

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    如何計算fasta格式文件中的氨基酸？

    我發現解析fasta文件的代碼。我需要計算有多少A，T，G等是每個序列中，例如： >gi|7290019|gb|AAF45486.1| (AE003417) EG:BACR37P7.1 gene product [Drosophila melanogaster] MRMRGRRLLPIIL 在這個序列中那裏有： M - 2 R - 4 G - 1 L - 3 I - 2 P - 1
    python bioinformatics biopython fasta 2013-01-18

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    如何將多個perl程序轉換爲可以隨時安裝的軟件？

    我有自己編寫的多個perl程序，它們計算基因組參數，更改標題，從基因組數據或fasta序列中提取特定序列。有沒有什麼辦法來建立一個軟件包/軟件，通過單擊菜單中的按鈕並使用我的Perl程序來計算上述內容。
    perl fasta 2012-11-30

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    下載一個Fasta文件並將其寫入文本文件

    我使用此代碼從pdb網站下載fasta序列文件。 pdb id是字符串protid。 import java.io.*; import java.net.URL; import java.util.Scanner; public class Trialoffile { public static void main(String[] args){ InputSt
    java file-io pdb fasta 2013-01-21

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    重複在多個元素的函數

    我寫了這個代碼 import sys file = open(sys.argv[1], 'r') string = '' for line in file: if line.startswith(">"): pass else: string = string + line.strip() #print (list(string)) w = i
    python fasta dna-sequence 2013-01-22

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    從JAVA文件中提取特定數據

    >1A3B:H|PDBID|CHAIN|SEQUENCE IVEGSDAEIGMSPWQVMLFRKSPQELLCGASLISDRWVLTAAHCLLYPPWDKNFTENDLLVRIGKHSRTRYERNIEKISM LEKIYIHPRYNWRENLDRDIALMKLKKPVAFSDYIHPVCLPDRETAASLLQAGYKGRVTGWGNLKETWTANVGKGQPSVL QVVNLP
    java fasta 2013-01-22

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    使用Biopython（蟒蛇）從FASTA文件中提取序列

    好了，所以我需要提取從FASTA文件序列的一部分，使用python（biopython，http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html） 我需要從每一個前10個鹼基序列並將它們放在一個文件中，保留FASTA格式的序列信息。最糟糕的是，如果沒有辦法保留序列信息，我可以使用鹼基。所以這裏有一個例子： >gi|2765658|emb|Z7853
    python python-2.7 biopython fasta 2012-10-30

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    合併從contigs生成的兩行代碼

    我有一個由彙編器生成的文件。它看起來像下面。 >NODE_1_length_211_cov_22.379147 CATTTGCTGAAGAAAAATTACGAGAAATGGAGCACAAGGCTGTTTTTGTGAATGTCAAAC CAAGTGACAACTCTATAGCGTTTGTATAAGACTCTCATACTAATCCCAAGCAAACTCTAT ACTGACGCATGAACATGGA
    python linux sed awk fasta 2012-12-21

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    什麼是造成這些錯誤？ （。）

    在串聯或串在Convert1.pl使用未初始化值$Xentr4的第6行 我得到以下錯誤： Error opening no such file or directory at Convert1.pl line 6" #!/usr/bin/perl -w # This script takes a user specified interleaved fasta input file $ARGV[
    perl initialization fasta 2013-02-17
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