我猜你的dataset陣列是一個二維數組，不僅如此，它可能已經是一個numpy的陣列，因爲你可以通過不正常的指標蟒蛇陣列[：（元組）]
因爲，看來這五行
x=dataset[:,0]
y=dataset[:,1]
z_nodatum=dataset[:,2]
stage=dataset[:,17]
amp=dataset[:,5]
實際上對應於指定列在dataset。 x,y,z_notatum,stage和amp已經是1xN陣列。
鑑於此，該行：
x=np.array(x)
y=np.array(y)
什麼也不做，x和y已經numpy的陣列。 z=-(z_nodatum-2919)從每個元素中減去2919，否定結果並返回生成的numpy數組，如果這實際上是您想要的。但是，z=np.array(z)再次沒有做任何事情，首先你已經有了一個數量龐大的陣列。
這下一行可能也是我不認爲你想要做的事情。
A = np.column_stack(([x],[y]))
這樣做是需要的1×N個陣列x和y陣列，和列堆疊它們，這最終被[[x1, x2... xn, y1, y2...yn]]。什麼，你可能想要的是：
A = np.column_stack((x,y))
返回列x和y[[x1,y1],[x2, y2]...[xn,yn]]的2D numpy的陣列。需要注意的是，如果這是你打算用X做和y，你可以在開始的時候都做到了這一點：
A = dataset[:,:2]
這將會給你擺在首位x和y一起，如果他們旁邊對方dataset（取0 - > N-1列，其中n這裏是2）
你的旋轉矩陣似乎有效，但要注意，你可能應該通過創建它：
theta = np.radians(20)
cos_theta,sine_theta =np.cos(theta), np.sin(theta)
R = np.matrix([[cos_theta, -sine_theta], [sine_theta, cos_theta]])
你只使用字符串格式版本時更方便（即讀取tex來自其他地方）或者你有一些複雜的結構需要它。這裏情況不同。
B=A*R
在您的版本
你有一個一1x1xN NP陣列，併爲R.這是一個2x2的顯然行不通。
修訂後的變化，我建議，你會得到一個行X列，NX2 * 2x2的操作，這是有效的，因爲內部尺寸匹配。要從B中獲得旋轉的x和y，您可以在開始時執行您正在做的操作，B現在是Nx2 numpy陣列（A * B = C，C的大小是A.rows X B.cols ，外形尺寸值）：
x_rotated = B[:,0]
y_rotated = B[:,1]
現在一切都應該工作。儘管如此，請注意numpy中的矩陣乘法，確保至少有一個值是矩陣，否則您將進行元素乘法（您的R是矩陣）。此外，操作順序可能會使您的公式中的兩個數組（即array * array * matrix）在矩陣運算之前執行元素乘法。