qsub

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qsub：獲取上一份工作ID提交

我使用Sun Grid Engine，我如何才能獲得使用qsub提交的上一份工作的ID？ 目前我使用bash的別名 alias lastjob="qstat -u $(whoami) |tail -n1| sed '/LOGIN/d'|cut -d' ' -f1"

qsub sungridengine 2016-12-29

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將大量大文件傳輸到s3

我將大約31 TB的數據（包含4500個文件，文件大小範圍從69MB到25GB）從遠程服務器傳輸到s3存儲桶。我使用s4cmd put要做到這一點，並把它放在一個bash腳本upload.sh： #!/bin/bash FILES="/path/to/*.fastq.gz" for i in $FILES do echo "$i" s4cmd put --sync-ch

bash amazon-s3 put qsub 2017-02-17

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通過命令行參數在腳本中設置PBS /扭矩/ qsub參數

我希望能夠通過腳本輕鬆更改多少個nodes,ppn等提交給qsub。也就是說，我想運行的財產以後這樣的： qsub script.sh --name=test_job --nodes=2 --ppn=2 --arg1=2 有了這樣的腳本如下： #/bin/bash #PBS -N ${NAME} #PBS -l nodes=${NODES}:ppn=${PPN},walltime=${WA

bash pbs qsub torque 2017-02-17

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帶輸入作業腳本的Qsub

我正在嘗試將java代碼作爲作業提交給qsub。 命令去 qsub -N job_$var -S /usr/bin/java -cp "classpath" file.java 的qsub假定-cp是一個參數，並引發錯誤。

java linux shell classpath qsub 2017-02-23

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qsub正在csh中執行我的bash腳本儘管shebang

我想向我的大學的Sungrid計算集羣提交一個bash腳本來在循環中運行可執行文件。當我登錄到服務器，我在bash： $ echo $SHELL /bin/bash 我包括在腳本的頂部，一個bash家當，我傳遞給的qsub： $ cat shell_sub #!/bin/bash #$ -N bSS_s13 #$ -o logs/bSS_s13.log #$ -j y #$ -cw

bash csh qsub shebang sungridengine 2017-03-06

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中的qsub

運行一個Python腳本我有一個python腳本main_script.py，看起來像這樣： import os Files = os.listdir(os.path.join(path, ".")) FilesNumber = len(Files) for fileID in range (0,FilesNumber): filename = Files[fileID]

python qsub torque 2017-03-07

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當使用qsub提交作業時，如何包含我的本地安裝的Python包？

我在超級計算羣集上有一個帳戶，我在其中安裝了一些軟件包。 「pip安裝 - 用戶keras」。 當使用qsub將作業提交到隊列時，我嘗試通過設置「export PYTHONPATH = $ PYTHONPATH：[$ HOME] /。local/lib/python2.7/site來確保系統可以看到我的本地包 - 包裝/角落「。 但是，生成的日誌文件仍然抱怨沒有名爲keras的包。我怎樣才能確保系

python cluster-computing pbs qsub supercomputers 2017-01-17

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（shell腳本 - qsub）等待提交的作業在下一個命令前完成

我的shell腳本包含qsub作業提交，然後將該作業生成的文件複製到其他位置。如何做到這一點？ 這裏是我的shell腳本看起來像： ... qsub synplify.csh cp ./rev_1/netlist.vqm ~/sample ... 這裏，synplify.csh作業提交了關於服務器，但尚未完成。它清除了執行第二行的方式。因此第二行在第一個作業正在處理時執行。我希望在作業完

shell jobs qsub complete 2017-02-03

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Qsub導致腳本無法正常工作：「未找到命令」

我正在運行接受5個命令行參數的腳本「example.sh」。 這工作得很好： ./example.sh arg1 arg2 arg3 arg4 arg5 ，它返回一個文件result1.txt現在 當我嘗試運行它在SGE集羣（帶或不帶 「./」）： qsub ./example.sh arg1 arg2 arg3 arg4 arg5 這不會導致任何輸出。 在example.sh.eXXXX

bash cluster-computing qsub 2017-03-27

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Python：與子進程回顯

我想從python腳本分配任務給qsub。 爲的qsub提交到目前爲止，我一直用這樣的表達： echo "python script.py arg1 arg2" | qsub 我想在python重現此命令： command = 'echo "python sub_master_script.py ' + str(i) + ' ' + path + '" | qsub -pe make 5 -N

python subprocess echo qsub 2017-02-09

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