qsub

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我正在嘗試提交依賴於數組完成的轉矩作業。 FIRST=`qsub -q hep -t 1-5 foo.sh` qsub -q hep -W depend=afterok:$FIRST bar.sh 第一份工作陣列提交併完成得很好，但第二個作業bar.sh只抱下去。如果我從第一個參數中刪除數組選項，第二個作業將按計劃成功，但這並不能真正解決問題。有從3年前類似的線程，但它似乎沒有實際的解決方案：

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SGE集羣 - 腳本提交後失敗 - 在終端中工作

我有一個腳本，我試圖提交到SGE集羣（在Redhat Linux上）。腳本的第一個部分定義了從完全CWD路徑當前文件夾，作爲一個變量來在下游使用： #!/usr/bin/bash # #$ -cwd #$ -A username #$ -M [email protected] #$ -j y #$ -m aes #$ -N test #$ -o test.log.txt ech

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在運行Linux的Cray系統上，如何使用自動BASH腳本中的aprun提交多個qsub請求？

具體來說，Cray需要嵌入在qsub請求中的特殊命令（aprun）才能在批處理節點上執行作業（Cray默認在沒有aprun語法的登錄/計算節點上運行）。當手鍵控qsub請求克雷Linux的超級計算機，有向語法是： qsub <qsub parameters> -V aprun -n #CPUS /executable.exe param1 param2 ... Ctrl-D 當用戶-V（在

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nohup命令將作業提交給集羣

我正在嘗試將作業提交給可能需要幾天的集羣。通常，對於較短的工作，我只需執行qsub Arun1_scr，然後等待作業完成，同時使用qstat監視其狀態。 Arun_scr是一個基本腳本。如果我希望能夠退出shell，甚至在集羣上完成作業時關閉計算機，那麼我只需要執行nohup qsub Arun1_scr？謝謝！

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多個qsub提交可以讀取同一組文件嗎？

我想使用bash腳本和qsub一次運行30-40 python程序。每個python程序都會讀取和搜索同一組文件（總共約400個）以獲得一組序列。有多個python程序可能試圖從同一個文件讀取的問題嗎？如果是這樣，後果是什麼？

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-pe對於腳本來說意味着什麼？

我正在閱讀腳本以將作業提交到羣集。我看到了這一行： -pe threaded 8 -R y 這是什麼意思？

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如何在shell腳本中完成Grid Engine的qsub作業之後執行命令？

我現在正在編寫一個包含一些qsub作業的shell腳本，並在工作節點中進行並行處理，然後總結統計信息將被彙總並寫入文件「temperature.txt」。但是，本地命令將在qsub登頂到節點之後立即執行。有沒有什麼像「wait [pid]」可以應用於qsub job id？我的代碼看起來像下面： echo "Burning..." var=0 while [ $var -ne 1 ] do

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SLURM如何在另一項任務完成時qsub任務？

我目前正在使用基於Linux的HPC，它只使用SLURM提交作業，而HPC只允許作業運行12小時。不過，我可能需要連續運行24個工作一週，才能取得好成績。是否有辦法在完成後再次（自動）運行作業？親切的問候地址：當任務完成後，將創建一個.out文件。換句話說，.out文件的數量將增加1. 當.out數增加時，是否可以重新執行作業？ #!/bin/bash #! #! Example SL

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如何將PBSPRO作業存儲在數組中並檢查作業是否完成？

我試圖生成一個系統，允許我檢查多個作業是否已完成在羣集上運行。此bash的代碼應工作要等到所有的PBS的工作已經完成： #create the array ALLMYJOBS=() # loop through scripts, submit them and store the job IDs in the array for i in 1 2 3 4 5 do ALLMYJO

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工作登頂不寫入輸出和輸入E的身份

我有一個名爲test.sh工作： #!/bin/sh -e #PBS -S /bin/sh #PBS -V #PBS -o /my/many/directories/file.log #PBS -e /my/many/directories/fileerror.log #PBS -r n #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -l walltime=01:00:00