qsub

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我試圖讓下面的perl腳本工作。首先，讀取fastq文件，然後使用該文件通過多個程序進行分析。代碼： use warnings; use PBS::Client; $directory = $ARGV[0]; opendir(DIR, $directory); @files=(); while ($file = readdir(DIR)) { push(@files

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SGE qsub使用bach定義變量？

我想爲SGE系統自動設置幾個變量，但沒有運氣。 #!/bin/bash myname="test" totaltask=10 #$ -N $myname #$ -cwd #$ -t 1-$totaltask 顯然$ myname不會被識別。任何解決方案非常感謝

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如何創建一個作業腳本來自動執行此操作？

現在我做一個集羣上執行以下操作：（ⅰ）的qsub-X -I -l walltime = 60：00：00，節點= 1：PPN = 8 （ⅱ）提交myjob（使用./myjob），它具有以下內容 #!/bin/bash i=1 nohup ./a.out $i 2 42 & nohup ./a.out $i 43 60 & nohup ./a.out $i 61 74 & nohup .

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linux：提交給sge的作業卡在'dt'狀態

我嘗試通過qsub向sqe添加作業。但它似乎被卡住了。狀態顯示爲'dt'。什麼可能是錯的？由於這一點，我無法添加任何更多的作業。我如何從隊列中刪除作業？

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保留羣集節點而不立即提交作業的最佳方法是什麼？

我需要預留一個節點，然後交互式登錄並執行某些操作，並在N分鐘後註銷並保留過期（在我使用qlogin執行此操作時不會出現正確的註銷狀態）。我通常使用qsub在該羣集上提交作業。

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如何檢查qsub作業的命運

我已經在扭矩集羣上運行qsub作業（.jar文件），並看到它完成。然而，產出並不是預期的。我如何查看此.jar文件引發的任何錯誤消息（我會通過終端在本地看到它們 - 我想看到這種類型的消息來診斷問題）。錯誤消息，如RuntimeException或特定的System.out.println或System.out.err

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別名在qsub後不起作用

我在我的home文件夾下安裝了R，並且我想在將作業提交給羣集時調用新的R。羣集節點都安裝了CentOS。下面是我在.bash_profile文件和.bashrc中所做的配置： if [ `lsb_release -i|cut -c17-20` == 'Cent' ] ; then alias R='/home/XXX/R-3.0.2/bin/R' alias Rscript=

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運行並行作業

我正在研究由464 HP刀片系統，兩個頭節點和虛擬化的登錄（提交）節點池組成的titan羣集。每個節點有八個內核（兩個四核處理器），並且16GB（430個節點）或32GB（34個節點）內存。此provices 3712個計算核心和8 TB總RAM的（存儲器）的任務是使用2份即R1，R2每個樣品file.So每個樣品文件具有存在於對R1，R2類型它們將成爲一起用來創建一個.sam文件，引用是hum

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qsub作業鏈

我有一個python腳本，它對輸入文件執行一些操作，然後使用qsub提交一個新作業。只要這個新提交的作業完成，我想再次運行python腳本。所以基本上，這個python腳本的運行必須與前一個作業（python腳本本身提交的作業）的運行相關聯。用代碼術語總結。我去到父目錄，鍵入： ./python_script.py 的Python腳本的結構類似如下（這是很多，很多複雜的現實中）： def

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如何使用qdel全部刪除空閒作業

我遇到了一個問題，如果我有2000個作業排隊並嘗試使用qdel all刪除它，它會繼續嘗試首先刪除正在運行的作業。這意味着我必須等待很長時間才能刪除作業，因爲從Running列表中刪除的列表比Idle列表慢。因此，如何刪除所有Idle作業而無需觸摸Running作業？