qsub

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我目前正在測試在英特爾的多核測試實驗室計算機OpenMP並行程序，並一直在使用 qsub -l select=1:ncpus=30 $HOME/myjob 添加作業並運行它。它將程序的輸出放入一個名爲myjob.o123456的文件中（數字取決於作業ID），但我希望它在作業運行時輸出到控制檯，這樣我就可以計算出進度我的程序正在製作中。有人知道怎麼做這個嗎？

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如何在qsub命令中使用管道或重定向？

我想使用需要使用管道（|）或重定向（>）的qsub（SGE 8.1.3，CentOS 5.9）在網格上運行一些命令。舉例來說，假設我有並行命令 echo 'hello world' > hello.txt （顯然，一個簡單的例子：在現實中我可能需要一個程序的輸出重定向直接像bowtie到samtools）。如果我這樣做： qsub echo 'hello world' > hello.txt

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如何避免這種錯誤不能運行作業：錯誤：沒有合適的隊列

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qsub將參數傳遞給-N（名稱）選項

我正在提交一組採用一系列參數值的qsub作業。我運行以下循環提交這些多個作業。我通過-v將特定參數值傳遞給qsub。我想作業名也成爲這些參數的函數： #!/bin/bash for a in 1 2 do for b in 1 2 do echo "a is $a, b is $b" qsub -v a=$a,b=$b -N run_$a_$b ru

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扭矩嵌套/連續qsub電話

我有一個工作腳本compile.pbs它運行在一個CPU上並編譯源代碼來創建一個可執行文件。然後我有第二個工作腳本jobscript.pbs，我使用32個CPU調用MPI來運行新創建的可執行文件。當我連續手動調用它們時，它們都可以很好地工作，但是我希望在第一個腳本剛剛結束前調用第二個腳本來自動執行該過程。有沒有辦法正確嵌套qsub調用或連續調用它們？目前我的嘗試是有第一個腳本調用第二個腳本，它

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確定PBS腳本內的qsub之後的CPU總數

對於用qsub調用的PBS腳本，我想知道在PBS文件中定義的數量是否被命令行輸入覆蓋的情況下實際分配了多少CPU。例如用下面的PBS腳本文件： jobscript.pbs： #!/bin/bash #PBS -N test_run #PBS -l nodes=32 #PBS -l walltime=06:00:00 #PBS -j oe #PBS -q normal #PBS -o o

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使用文件* .dat

從父文件夾向下面的所有目錄運行qsub命令我正在使用Redhat和pbs排隊系統將作業提交給有限元素分析代碼。我通常有一個包含.dat文件的文件夾，這是我想要運行的，以及一個.pbs文件，它將提交.dat文件。要提交.dat文件，我會在包含這兩個文件的目錄中運行命令「qsub * .pbs」。我該如何提交或僅從包含.dat文件的目錄之外運行「qsub * .pbs」。我通常會將兩個目錄從.dat

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如何qsub迭代工作

如何qsub迭代工作？讓一個變量i = 2：10，對於每個i，我想運行「tmp.r」並在進入下一個i之前暫停10秒。我的腳本名稱是test.pbs。我嘗試這樣做： for i in `seq 1 10`;do;qsub job$i.sub;sleep 10;done 但這提交的作業將立即返回.. 我想在克雷XE6運行此。我的R代碼使用遍歷算法，所以迭代提交作業將使其更有效。任何想法如何

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awk內部的qsub

我有一個bash腳本，其中有幾個qsubs。他們中的每一個都在等待開始之前完成一個優秀的qsub。我的第一個qsub包含將某個目錄中的文件發送到perl程序，並將outfiles打印在新目錄中。最後，我用我所有的工作名稱迴應數組。這個腳本以滿意的方式工作。 mkdir -p /perl_files_dir for ID_FILES in `ls Infiles_dir/*.txt`; do

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未找到SGE命令，未定義變量

我正在嘗試設置新的計算羣集，並且在SGE中使用qsub命令時當前遇到錯誤。這裏有一個簡單的實驗說明了什麼問題： test.sh #!/usr/bin/zsh test="hello" echo "${test}" test.sh.eXX 測試=你好：命令未找到。測試：未定義的變量。 test.sh.oXX 警告：未獲得TTY（不良的文件描述符）。因此在這個shell中沒有作業控制。